“闇之书事件”（参照魔法少女奈叶A’s）的10年后。踏入19歳的高町奈叶、菲特·T·哈洛温、八神疾风三人，怀抱着彼此的友情牵绊、为了追求各自的梦想实现而加入时空管理局，并以一流魔导师的身分活跃。在此当中，出现了新发现的太古遗产“圣遗晶石”（レリック），以及以此为目标而出现的谜样机械兵器“共鸣拓发者”（ガジェットドローン）。为了迅速对应日后被称为“圣遗晶石事件”的状况，八神疾风考虑到设置能够迅速对应的独立部队的必要性，设立了专责处理与太古遗产关连任务的特殊部队——“机动六课”。另一边，时间回溯到四年前。昴·中岛在遭到机场火灾卷入而几乎丧命之际，由于奈叶的出现而得救。因为憧憬著如同“自己理想中的形象”一般的奈叶，昴在当晚的满天星空之下，做出了“成为管理局的魔导师”的决定。四年后，经过一番波折而顺利成为管理局的新进魔导师的昴，与训练校时代的伙伴蒂雅娜·兰斯特共同挑战魔导师的升格试验。于远处凝视著两人考试的，分别是认定两人将成为“机动六课”的明日之星而投以注意的疾风与菲特、还有奈叶。在三人的注视之中，随着宣告试验开始的ReinForceII（统御之力zwei）的声音，拉开了“StrikerS”故事的序幕。

新历0075年， “黑暗之书事件”（第二期“A”）10年后。19岁的高町奈叶、Fate T. Harlaown、疾风八神，怀揣着心中孕育的羁绊，加入时空管理局，追求各自的梦想。作为一流魔术师而活跃。

与此同时，新发现的失落逻辑“遗物”和瞄准它的神秘机械武器“Gadget Drone”出现。为了应对这些被称为“遗物事件”的情况，疾风认为需要一支能够快速反应的部队，并着手建立一个部队来处理与失落洛吉亚相关的任务，最终形成了“机动第六师” “ ..

与此同时，时间回到四年前。中岛昴卷入机场火灾时，奈叶救了他的命。昴很欣赏她，就像她体现了自己的理想一样，他决定成为星空下管理办公室的魔术师。

四年过去了，历经波折，积累了两年管理所魔法师经验的昴，与训练学校的搭档蒂安娜·兰斯特一起参加魔法师晋升考试。疾风、Fate 和 Nanoha 注意到这两个人是《机动部门 6》的有希望的候选人，正在观看。在三人的注视下，StrikerS的故事从Reinforce II（Zwei）宣布考试开始开始